Hay dos clanes principales o mitades en la sociedad Matses, lo del clan del jaguar y lo del clan del gusano. Se basa estos dos grupos del parentesco por el clan de su padre (es decir por línea paterna) y un miembro de la tribu es “representante de jaguar” o “representante de gusano.” Los Matses creen que si un miembro del clan del jaguar incluso echa un vistazo en su cosecha de maíz, las larvas de insecto (“gusanos”) atacarán la cosecha y la harán morir. Por lo tanto según la creencia de los Matses, solamente los miembros del clan del gusano pueden cultivar el maíz en sus jardines. Integran a estos dos clanes principales intrincado en la sociedad y la religión de los Matses, determinando las actividades de un individuo y su forma de vida. La sociedad de los Matses no es exógamo. Sin embargo, la preferencia por uniones entre los primos cruzados facilita con frecuencia uniones entre clanes diferentes.